今天又想明白了几个点，把逻辑理了一遍直接加在正文里了，不是重开，也不是转世，这样所有的事情就都说通了。
昨晚看完没太理解，今天下班前想了一下，按我的理解其实这个结局没什么难以接受的，反而非常严谨精妙。本作剧情属于 JOJO 宇宙不断重开偶然出现的一条分支，分支的结局是神父的计划失败，一个轮回还没跑通就死了，导致神父试图塑造的世界存在悖论，所以本作的剧情从一开始就不可能存在，按设定逻辑应该得重开转世，但根据作者的暗示这里是直接修正回主线了（下面会解释），结尾的场景是 JOJO 宇宙里唯一存在的世界线。
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以下是分析，有点烧脑，欢迎指正：
根据神父的解释，设定上 JOJO 系列的宇宙从大爆炸开始膨胀，膨胀到一定程度会收缩回奇点再次爆炸，如此无限循环。这里没有涉及平行世界的设定，宇宙只有一个，每次重开所有人灵魂相同，命运也和上一轮大致相同。
如果神父完成了“天堂制造”，从杀死主角团开始跑完一次轮回再次杀死主角团，就相当于跑通了一个新的世界，他在这个新世界里所做的事会固定在轮回里，无论之后宇宙如何重开都会按照这套新的命运反复。
而 JOJO 里命运的设定不是完全照上一轮宇宙一模一样重播一遍。例如，带着记忆开始二周目的安波利欧试图改变命运，被神父追杀时在走廊选择左拐，虽然此时他的决心和行动没能撼动命运，他在命运作用下踩到拖把，最后还是跌回到小房间的入口，但这证明了宇宙的每次循环并非绝对相同，命运会指引你达成相同的结果，但也留有一定的操作空间。
动画一开始，《石之海》中的角色对自己的命运皆没有预知，如果宇宙的命运已经改变，那么故事从开头就会按照神父的“天堂”法则运行，每个人都能看到自己的宿命。由此看出神父在《石之海》里的行动仅仅是在本次重开的宇宙中偶然出现的。
出现这条线的原因动画没有说明，但可以推断出一个合理的解释。神父过去的经历十分悲惨，双包胎弟弟在出生时被人用死婴替换，偶然在弟弟养母的忏悔中得知真相的他发现，他被换走的亲弟弟正是妹妹的男朋友。他恪守了神父的操守，没有对人们说出真相。同时，不愿亲人受伤的他雇用了私家侦探，希望能让弟弟妹妹就此分手而不留下心理创伤，却最终落了个弟弟险些被杀害，妹妹跳崖的结局。
替身的能力会反映替身使者的愿望，过去的经历给神父造成了严重的心理阴影，他没有做错任何事，甚至堪称高尚，却要终身陷于害死亲人的懊悔之中。另一方面，神父虽然几近癫狂，但进修神学多年的他依然怀抱信仰，在战斗中他亦多次提及命运无法改变，可见他依然信奉并敬畏着命运。因此，他不敢奢望改变命运让妹妹活下来，他想要的，是对苦难的觉悟。在一次次的轮回里，面对难以承受的痛楚，他依然相信神的安排。他贪求的那一点东西，他的执念，仅仅是希望能提前窥探到些许他宿命里的劫难，好让他有所觉悟，坦然地接受命运，而不必在每个轮回中都毫无准备地去承受一次失去妹妹的痛。
于是，他矛盾复杂的执念和迪奥的赏识给他带来了行动的理由和能力，“天堂制造”应运而生。
在宇宙无数次轮回的中的某一次，神父选择了正视他的执念，策划并推动了本作描写的故事。对他而言，洞悉未来的能力就是他的“天堂”，是人类至高的幸福。而作为神父，他必须把他信仰的幸福传递给全部世人，他希望人们在无止尽的轮回里都能因冥冥中洞察过未来，而能坦然地接受各自的宿命，做到豁达，做到通透。
为了创造他的“天国”，神父展开行动，终于让替身连续进化两次开始加速世界。要完成他的“天堂”，这个被他修正过的世界必须加速到他再次团灭主角团才算有始有终地跑通一次，本次轮回里的一切才会尘埃落定成为新的命运无限重开下去。而神父的新宇宙一旦形成，所有人都将知晓命运，接受命运，这一切将再无改变的可能。
但神父没有意识到，他创造“天堂”的过程已经影响了太多人的命运，他把自己摆到了神的位置，要创造一个人人解脱人人接受宿命的世界。但世界上同样存在着代表自由的灵魂，JOJO 的反抗是命运的必然，是自由意志同宿命的对抗。神父看似稳稳地占据上风，但耐不住 JOJO 精神不屈不挠至死方休地感染其他灵魂，主角一行人纵使团灭而意志不灭，徐伦在死前终于将这份精神传递给了一开始消极怕事的安波利欧并将他送进了二周目。所以在二周目的世界，原先 JOJO 们因为自由意志死在旧世界而仅有空洞的灵魂，但黄金精神已然通过之前的战斗活在了二周目的安波利欧身上，成为在命运之手不容置疑的操纵下仅存的反抗意志，是人类以肉身向天命挥出的最后一拳。
神父当然知道，在世界再次进行到主角团灭的节点之前，带着一周目全部记忆的安波利欧是一个不安定因素，势必会阻挠他完成这次轮回。于是他打算先下手为强，在监狱直接杀死安波利欧，这样一来新世界的走向就会改写为安波利欧早早地被他在监狱中铲除，而主角团则会参照上个轮回经过一系列冒险被他杀死在海上。
但神父没有想到，徐伦最后还留了一手，她把天气预报的 Disc 给安波利欧一并带到了二周目，让这份新生的脆弱意志有了与命运匹敌的力量。最终，严重轻敌的神父在轮回完成之前被安波利欧反杀，是强大的 JOJO 精神不断感召其他灵魂，最终汇聚而成的因果。
由此，命运再次变动，神父的能力随着他的死亡消失，世界不再加速，修正的世界没有顺利完成一圈轮回。最重要的是，新世界的神父死在这个时间，他就不可能重复上次轮回中的命运再次团灭主角，甚至新世界的神父都还没能借由承太郎的记忆得知制造天堂的方法，神父塑造的世界没有完成闭环，他的死亡导致了严重的悖论，这条世界线也因此不可能存在了。
这就是开头所说的结论，神父意图覆盖原有的轮回给所有人套上命运的枷锁，而徐伦粉碎了这片囚禁自由意志的石之海，让世界不至于陷入人人认命人人解脱的轮回，自由的灵魂得以在原有的世界线中继续存在。
从设定的逻辑上说，神父采取了行动的世界线既然不可能存在，那么世界本来就不会有这条分支，哪怕你引入平行世界的概念它也跑不通，本作所有的一切从一开始就不会发生，不过作者在这里从逻辑里跳了出来（下面解释）。
观众非常在意的“那段时间死去的人无法前往新世界”仅仅适用于加速抵达的二周目，只有二周目跑通了，失去星标的主角灵魂才会成为事实固定在轮回里，然而不光二周目，连一周目都属于不可能存在的分支，主角们的灵魂在正统主线中自然不受任何影响。
当然，这条分支不存在也可以理解为宇宙在无数次的重开中会以一定概率无数次触发这条分支，神父采取了行动，但被传承到徐伦这一代的黄金精神击溃，这条分支直接消亡。按逻辑这个时候宇宙应该重开直到开出唯一存在的主线，但这里应该是宇宙直接被修正为主线，这也是作者希望大家理解的方式（毕竟一整部番不能让大家白看），所以作者在结局放进了带有记忆的安波利欧，徐伦一行人不再走这条线，但安波利欧没有被修正，这是一个 BUG，也是作者的温柔，作为徐伦的黄金精神在这条分支中闪耀过的证明。
总之，神父已经死去，世界没有被他的妄念修改。结局描述的场景必然是存在的时间线，即 JOJO 宇宙的主线，也是唯一存在的轮回线。所以，分支消亡后安波利欧遇到的是带星标的主角和原有长相的其他人，暗示 JOJO 们依然是原先具有黄金精神的灵魂。在主线里，神父应该也是存在的，也许他并没有选择雇佣私家侦探让妹妹分手而选择了说出真相，也许他不再奢求由预知命运带来的通透豁达来逃避痛苦而放弃了行动，轮回分岔的地方应该比较早，所以神父在主线里的不同行动产生的蝴蝶效应导致徐伦这些人的名字不一样。
在这条唯一存在的主线里，主角一行人还是会因为替身使者相互吸引的设定在监狱外相遇，黄金精神此后也将在同样的灵魂、不同的故事里继续生生不息地传承下去。
所以没啥好说的，没有生成新灵魂，也不是同灵魂转世，只是徐伦带人暴打了一遍脑子坏掉的神父然后只有安波利奥记得。
（神父是真的惨）
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至于前几作 JOJO 们的故事究竟是发生在主线还是分支其实不重要（大概率是主线），那会儿神父也没开始作妖，随便你重来多少次，只要神父这边没成功，前几代 JOJO 的故事在每个轮回里都是大致相同的。
关于轮回分岔的时间点我有个迷思，本作轮回的分岔可能从神父利用箭矢呼唤了迪奥就开始了。神父和迪奥重逢产生了交集，两个人整天 gay 里 gay 气混在一起，导致迪奥没空出去鬼混生下乔鲁诺。这就可以解释神父开始加速影响全世界的时候，乔鲁诺没有出现的 BUG，毕竟黄金体验镇魂曲面板六项超神，参战的话就没这么多麻烦事了…
本作一个很意思的点其实在于，神父的天堂制造，可能他的初衷是尊重命运，不求改变，只求心里豁达。但最终走火入魔的神父没有想到，从他开始一步步执行这个念头的时候就已经改变了命运。因为他的愿望，主角团才会在监狱相遇，才会为了反抗而战斗。他因为执念拿到近乎无敌的能力，却在战斗中陷入癫狂。到了二周目，离成功一步之遥，却不再敬畏命运，妄图提前杀死安波利欧继续改变命运。这可能算是隐含的设定吧，JOJO 的黄金精神也许可以反抗天命，但疯子的意志是没法再动宿命分毫的。
所以命运到底是无法改变，还是仅仅没有站在神父这一边？这个问题没有挑明，看各位观众愿意相信哪种吧。
