第1集 颠覆地球 HERRENVOLK

Smith带Mulder来到一片培育花粉的人工种植地，Mulder见到了还是小时候模样的Samantha，赏金杀手随后追到，带走了Smith。Scully发现每个人都利用接种的天花疫苗被编号了。

第2集 灵异照片 UNRUHE

一个会心灵照相术的人在残忍的绑架杀害妇女。他绑走了Scully。Mulder根据相片救出了Scully。

第3集 故乡 HOME

一个通过乱伦来保持血统纯正的家族，不惜以杀人来保护家族不被侵犯。

第4集 非洲邪灵 TELIKO

失落的非洲部落一名成员来到美国，他通过吸取他人身上的黑色素来维持身体的颜色存活。

第5集 前世今生 THE FIELD WHERE I DIED

FBI破获一邪教组织，Mulder觉得其中一女的前世是他的丈夫。他还去催眠想起好几个前世的身份。

第6集 整型专家 SANGUINARIUM

一个整形医生是个巫师，他渴望完美的外表，通过定期杀死特定生日的病人来完成换外表的仪式。

第7集癌人秘辛 MUSINGS OF A CIGARETTE SMOKING MAN

CSM成长的传奇经历。其实他想当个作家的。

第8集 偷心人 PAPER HEARTS

奇妙梦境指引Mulder找到一具小女孩的尸骨和一片衣服剪成的心，这是曾杀死13名幼女，现在狱中服刑的犯人John的风格。Mulder去见John，却得知John也知道他妹妹的下落。Mulder相信他。

第9集 非常手段(上) TUNGUSKA

一块通过外交渠道带进美国的陨石中含有黑油。Mulder和Scully在一次线人提供线索的围剿行动中抓到了Krycek。Mulder带Krycek去到通古斯，却被Krycek出卖做了俘虏，在牢里被感染了黑油。

第10集 非常手段(下) TERMA

Mulder胁持Krycek逃跑。在林子里，Mulder受到帮助回了美国。Krycek被切掉了左胳膊。Scully因为隐瞒Mulder行踪被带上听证会。Mulder及时赶回，两人继续去找陨石，但空手而归。

第11集 紫雨 EL MUNDO GIRA

墨西哥的小村庄下了一阵紫雨，此后，凡是接触到Eladio Buente的都奇怪的死亡了。人们传说他就是墨西哥血鬼El Chupacabra。人们还传说，他逃走后，小村庄出现了外星人。。。但Scully说，他是感染了一种来自外太空的霉菌。

第12集 婚礼 KADDISH

犹太新郎还没娶上自己的新娘就被种族歧视的小P孩儿害死了。新娘的父亲愤怒了，新娘悲伤了。她偷了父亲的法书，用泥土复活了丈夫，完成了婚礼。

第13集 再见贝蒂 NEVER AGAIN

Mulder趁着假期去看杂货去了，甩下Scully一个人，让她有机会去纹身，和一个男的喝酒过夜，破一个关于会说话的纹身的X档案。

第14集 无头尸奇案 LEONARD BETT

男护士LENONARD BETT在车祸中把头削掉了，但后来又长出来了，还杀死了知道他复活的搭档。原来他的身体基因变异能再生肢体，而且必须靠吃癌细胞为生⋯⋯他后来想袭击Scully。

第15集 我要活下去 MEMENTO MORI

原来Scully患了癌症。Mulder吓坏了，为了找治病的方法上天入地。Scully思考了好多东西。

第16集 复仇使者 UNREQUITED

一名越战老兵学会了利用人眼对光线的敏感性质实现隐身，然后去杀死越战时的几名长官，因为他们在他做了战俘的时候，下令放弃了他。

第17集 失踪的九分钟(上) TEMPUS FUGIT

Scully过生日那天，一架客机坠毁了，乘客无一幸免，1X09的Max也在这架飞机上。MS发现机上乘客的表都丢失了九分钟。进一步的调查表明，飞机的坠毁另有原因。在飞机坠毁地点附近的湖里，军队的人正在积极打捞着UFO的残骸。

第18集 失踪的九分钟(下) MAX

Pendrell 探员为Scully吃了一枪壮烈了。MS继续调查坠机事件，原来Max在飞机上为Mulder带来了alien存在的确凿证据，但飞机半途被UFO劫持，意图带走Max，这时空军攻击了UFO，双双坠毁。Scully最后为Mulder送她的礼物，阿波罗13号钥匙链赋予了深远的意义。

第19集 回到过去 SYNCHRONY

在将来研究出人类实现时间旅行方法的科学家回到现在，想要杀死自己和相关的研究者，阻止时间旅行方法被发明。因为他认为没有所谓未来的日子太恐怖了。

第20集 外星爹地 SMALL POTATOES

有个家伙受他爸爸的遗传，身体肌肉能随意变形成另一个人的模样。他利用这个特点为镇上生育有困难的夫妇带来了“福音”。但他的孩子也继承了他家的特点，有尾巴。Mulder和Scully来调查的时候，他变成了Mulder。

第21集 天花蜂 ZERO SUM

Skinner受栽赃，被怀疑杀人。CSM一伙人在做用蜜蜂传播天花病毒的实验。Marita原来也是CSM的手下。

第22集 免于恐惧 ELEGY

智障Harold在保龄球馆工作，一些在那里打球的女孩都被谋杀了。凶手是Harold所在诊室的变态护士，因为她想扼杀Harold的幸福，通过杀死他喜欢的女孩。在这些女孩遇害时，Harold能看到这些女孩的灵魂。Scully也看到了一次。

第23集 恶魔 DEMONS

Mulder梦到妹妹，梦到一个男人和自己的父母在争执，然后在一个陌生的地方醒过来，忘记了自己曾经做过什么，身上都是血。在后来的调查中，他怀疑起自己亲生父亲的身份。

第24集 真相与谎言 GETHSEMANE

加拿大一座雪山里发现了alien的遗体。Mulder欣然前去调查。但一个叫Kritschgau人告诉Mulder，所有的发现和证据都是一个大骗局，根本没有alien这回事。Mulder绝望了，举枪自杀。